Lajivalinnan jälkeen päästään istutustöihin, jolloin kannattaa pitää muutamia asioita mielessään.
Kasvualustan kunnollinen ojitus on tärkeää. Se estää liian korkean pohjaveden pilaamasta omenapuun mahdollisuuksia. Menestymiselle tärkeintä onkin hyvin ojitettu ja
lämmin maa sekä
aurinkoinen kasvupaikka. Omenapuu viihtyy multavassa, hieman savipitoisessa maassa, mutta pärjää myös vähähumuksisessa moreenimaassakin. Kalkitus ja lannoitus korjaavat luonnostaan epäsopivan maan monia vikoja. Maasta kannattaa ottaa
maanäyte, jotta tiedetään tarkemmin maan kunto.
Puut voi istuttaa yksin, ryhmiin tai riveihin. Pilariomenapuut voi istuttaa n. 1,5 m välein. Hillittykasvuiset omenapuut istutetaan 2 - 3 metrin välein. Tavalliset omenapuut istutetaan vähintään 4 metrin välein. Jos puu istutetaan yksin, sen lähellä ei saa olla muita kasveja kilpailemassa valosta ja tilasta.
Istutuskuoppa valmistetaan, kun taimi on hankittu. Se kaivetaan vähintään 50 cm syväksi ja halkaisijaltaan yhtä leveäksi. Kuoppa kannattaa kastella hyvin, etenkin jos maa on kuivaa. Kuopasta nousseeseen multaan sekoitetaan uutta multaa noin kolmannes koko määrästä. Jos pohjamaa on huonosti vettä läpäisevää, voi kuopan pohjalle lisätä 10-20 cm kerroksen hiekkaa.
Puu istutetaan pystysuoraan niin, että varttamiskohta jää juuri ja juuri maanpinnan yläpuolelle. Maa tiivistetään huolellisesti ja ylimmäksi jätetään noin desimetrin syvyinen kastelukuoppa, vesipesä. Maa kastellaan kunnolla (vähintään 30 l vettä). Jos sää pysyy kuivana, runsas kastelu uusitaan viikon välein. Märkä maa auttaa kasvia muodostamaan juuristoa.
Istutuksen voi tehdä keväällä tai syksyllä, mutta pohjoisessa se on parasta tehdä jo keväällä. Ravinteikas multa ei tarvitse lannoitusta ennen kuin vasta toisena vuotena istutuksen jälkeen. Varsinkin nuorten puiden alustat on syytä pitää rikkaruohottomina.