Satokauden päätyttyä kasvihuoneesta tyhjennetään kaikki kasvinjätteet ja työvälineet sekä ruukut pestään. Jotta taudinaiheuttajat ja tuholaiset saadaan varmasti tuhottua, käytetään pesuun kuumaa vettä - ja pesun jälkeen työvälineet vielä upotetaan kiehuvaan veteen.
Kasvihuone puhdistetaan sisäpuolelta ja myös rakenteiden kolot ja nurkat harjataan puhtaiksi. Pesuaineeksi riittää yleensä mäntynestesaippua. Ulkopinnat puhdistetaan vasta keväällä. Lasikasvihuoneen pesuun käytetään pehmeää harjaa tai painepesuria.