Porkkanaa kiusaavat muutamat kiusalliset taudit ja tuholaiset, vahingoittaen porkkanan massaa erilaisilla vaurioilla. Pahimmissa tapauksissa, sato on pilalla.
Porkkanakempin toukat ovat kellanvihreitä. Hyönteinen on parin millin mittainen ja myös kellanvihreä. Sillä on suuret, läpinäkyvät siivet ja se liikkuu hyppien. Porkkanan nuoret lehdet sykeröityvät ja juuriston kehitys hidastuu. Ennaltaehkäisynä sitä voidaan torjua levittämällä kasvuharso kylvöksen päälle. Harso antaa täydellisen suojan. Porkkanakemppi tuhotaan kemiallisesti.
Porkkanakärpänen on kiiltävänmusta. Toukat ovat valkoisia, puolen sentin mittaisia ja rihmamaisia. Porkkanakärpäsen toukka kaivaa porkkanaan käytäviä pilaten juuren. Porkkanakärpänen talvehtii maassa kotelona, joten kasvupaikkaa kannattaa vaihtaa, jos tuholaista esiintyi viime kesänä. Harsolla voidaan ehkäistä kärpänen täysin. Kärpäset on tuhottava ennen munintaa kemiallisesti.
Harmaahome kehittää porkkanan päälle harmaan ja pölyävän homeen, kun taas pahkahome on valkoista ja pumpulimaista. Varo kolhimasta porkkanoita varastointivaiheessa. Niin kutsuttu varastotauti mädättää juuren tehokkaasti.